Účinnost dezinfekčních prostředků bývá jednou ze základních atributů při jejich výběru. Samozřejmě, že vyšší účinnost prostředků je často při rozhodování jediným faktorem, bez ohledu na ostatní vlastnosti produktů. Právě vysoká účinnost látek GUAA je jejich velkou devízou, ale i účinnost přes 99% nemusí být vždy dostačující a nasazení látek GUAA je tedy z tohoto pohledu více než vhodné.

Kromě zmiňované účinnosti, působí látky GUAA jak na povrchu, tak ve vodě a působí dlouhodobě, tedy i několik týdnů.

Nutno také zmínit, že prostředky GUAA nejsou antibiotikem a nevyvolávají vznik odolnosti, ani při častějším používání.